Подготовка медицинских кадров высшей квалификации ведется по направлениям подготовки и специальностям в соответствии с лицензией на осуществление образовательной деятельности. Прием обучающихся по программам аспирантуры, ординатуры и интернатуры осуществляется на основании соответствующих Правил приема на обучение по программам аспирантуры, ординатуры и интернатуры, принятых в академии. 

По окончании обучения при условии успешного прохождения государственной итоговой аттестации обучающимся выдаются документы государственного образца. По завершении обучения по основным профессиональным образовательным программам подготовки кадров высшей квалификации (ординатура, интернатура) проводится сертификационный экзамен, по результатам которого выдается сертификат специалиста.